Tzv. trojičný kostol, ako ho väčšina Bratislavčanov nazýva je jeden z najvýraznejších bratislavských kostolov. Pozoruhodný je nielen svojim dominantným umiestnením, kvalitou zachovania barokových prvkov v exteriéri ako aj interiéri, ale aj netradične tvarovanými strieškami na vežiach. Kostol bol pôvodne postavený ako súčasť barokového kláštora trinitárov. Rád trinitárov (lat. Ordo Excalceatorum Sanctissimae Trinitatis pro redemtione captivorum (OSST), nem. Orden der heiligen Dreifaltigkeit), ľudovo nazývaných aj „Kreuzpater“, pátri krížovníci, patrí medzi pôvodné mníšske rády Rímskokatolíckej cirkvi. Rád bol založený v roku 1193 šľachticom Jánom z Mathy (1160 – 1213), teológom na Parížskej Sorbonne, ktorému sa podľa legendy keď slúžil svoju prvú svätú omšu, zjavil bielo odetý anjel s červeno-bielym krížom na prsiach, ktorý viedol za ruky dvoch spútaných otrokov, kresťana a maura. Anjel zjavil Jánovi, že je povolaný od Boha, aby založil rád na vykupovanie otrokov. Nato sa Ján odobral do pustatiny a vyhľadal tam pustovníka Félixa.

Felix prišiel na svet ako Hugo z Vermandois v roku 1127 vo Valois, kraji blízko Paríža, ako syn vznešenej kniežacej rodiny. Ako mladík sa zúčastnil s križiakmi na ťažení do Svätej zeme. Neskôr sa vzdialil z kráľovského dvora a utiahol sa do samoty. V pustatine zvanej Cerfroid pri Paríži (dnes Brumetz) postavili svätci neskôr prvý kláštor rádu. Pápež Innocent III. potvrdil novú rehoľu 17. decembra 1198 a tá sa v stredoveku rozšírila hlavne vo Francúzsku, Španielsku a Taliansku. Hlavnou náplňou rádu bolo od počiatku vykupovanie kresťanských zajatcov a otrokov predovšetkým z rúk Arabov, neskôr Turkov, Tatárov a iných moslimov. Okrem toho ošetrovali chorých, chudobných a pocestných vo svojich špitáloch. V roku 1236 vznikla aj ženská vetva rádu trinitárov. Na vyslobodzovanie väzňov a zajatcov venovali trinitári podľa úzu tretinu celkových príjmov rádu, ktoré získavali predovšetkým zbierkami medzi bohatými šľachticmi. Ak to okolnosti vyžadovali, ak išlo o vysoko postavenú osobu či otca početnej rodiny, vymenili trinitári za uväzneného niekedy aj svoju vlastnú slobodu. Keďže vykonávali cesty aj do islamských krajín, mnohí ukončili svoj život predčasne mučeníckou smrťou. Obdivuhodnou príčinlivosťou a hrdinstvom si rád získal takú obľubu, že ešte prv, než sa usadil aj v nemeckých oblastiach Európy, oslobodil v priebehu 437 rokov 30 720 kresťanských väzňov a zajatcov a tento počet sa časom zväčšil na 900 000.

V období rekatolizácie v roku 1609 sa trinitári transformovali na žobravý rád, čím sa mohli v plnej miere stať úspešným rádom a dosiahli pomerne veľké rozšírenie aj v krajinách Habsburskej monarchie. Rád existuje dodnes, pričom sa ťažisko jeho pôsobenia presunulo na zdravotnícku starostlivosť.

V Strednej Európe sa trinitári rozšírili až vo vrcholnom období baroka, keď štátna moc pomocou nich upevňovala katolícku vieru. Do Viedne prišli trinitári zo Španielska na žiadosť cisára Leopolda I. v roku 1688. Bezprostredným dôvodom bola turecká expanzia a obliehanie Viedne v roku 1683, kedy sa dostali tisíce ľudí z Dolného Rakúska a Burgenlandu do tureckého a tatárskeho zajatia a práve trinitári im pomáhali sa z neho dostať. Trinitári si vybudovali kláštor na predmestí Viedne v Alser Vorstadt. Skupina prvých troch bratov sa do roku rozrástla na 13 bratov, ktorí pochádzali výlučne zo Španielska a Talianska. V roku 1690 začala stavba kláštora a základný kameň položil biskup Trautson. O päť rokov keď kládli základný kameň kostola, bol prítomný samotný panovník Leopold I. Trinitári pôsobili vo Viedni, podobne ako v celej habsburskej monarchii až do roku 1783, kedy podľa nariadenia cisára Jozefa II. reholu rozpustili. V tomto čase bolo v konvente 32 pátrov, 12 laických bratov a dvaja novici. Po rozpustení trinitárov kláštor premenili na kláštor minoritov.

Z Viedne už nebolo ďaleko do hlavného mesta Uhorska, do Bratislavy, kde bolo v záujme panovníckej moci posilňovať svoju pozíciu prostredníctvom Katolíckej cirkvi stále v prevažne evanjelickom meste okrem iného aj zakladaním nových kláštorov. Za vlády uhorského kráľa Karola III. Habsburského vzniklo viacero kláštorov na rozvíjajúcich sa predmestiach napr. Milosrdní bratia, Kapucíni, Uršulínky a podobne. Trinitári prišli do Bratislavy až ako do druhého miesta v Uhorsku. Keď sa uhorský arcibiskup Juraj Széchényi dozvedel o príchode trinitárov do Viedne, vyjadril prianie uviesť tento rád aj do Uhorska. V roku 1692 navštívili starého arcibiskupa, ktorý ležal chorý v Bratislave dvaja pátri z viedenských trinitárov a ten sa prekvapujúco uzdravil. Čoskoro ich navštívil osobne vo Viedni. Dva roky po prvom stretnutí dal arcibiskup vyhotoviť darovaciu listinu, ktorou všetky jeho majetky nachádzajúce sa v Trenčianskej župe majú po jeho smrtí dostať trinitári. Na tomto základe sa prví trinitári usadili v Ilave. Trinitári prišli do Ilavy z Viedne v roku 1695. Spočiatku bývali v severozápadnom trakte vonkajšieho hradu. Bratislavský architekt (meno sa nezachovalo) vypracoval pre nich plány na adaptáciu hradného areálu. Po uzavretí zmluvy so spolumajiteľom panstva Sigfrídom Breunerom (r. 1697) sa presťahovali do horného hradu, ktorý upravili podľa projektu architekta. Dňa 23. júla 1701 položili ilavskí trinitári základný kameň dvojvežového jednoloďového barokového kostola.

Viaceré mestá sa skoro uchádzali o príchod tohto nového rádu, ale voľba padla na hlavné mesto Uhorska. V roku 1698 boli členovia rádu trinitárov na pozvanie cisára Leopolda a nového ostrihomského arcibiskupa Leopolda Kolloniča uvedení do Bratislavy. Na župnej kongregácií bol schválený zámer postaviť nový kostol a kláštor trinitárov. Prví členovia rádu prišli z Ilavy a u sadili sa v hostinci “U uhorskej koruny”, ktorú im arcibiskup prenajal za 4000 zlatých na štri roky. Dom zvaný v panovníckom privilégiu „Pongrácovský“ sa nachádzal na dnešnej Obchodnej (Schöndorfskej) ulici. Priestranná hostinská miestnosť a vedľajšie miestnosti boli zmenené na študovňu, jedáleň a spálňu bratov a väčšia sála na domácu kaplnku, ktorá bola prístupná pre veriacich z ulice. Vývesný Štít hostinca nad bránou bol vymenený za rádový znak — modro-červený kríž, pod ktorým bol napísaný výrok pápeža Inocenta III.: „Hic est ordo approbatus, non a sanctis fabricatus, sed a solo summo Deo“ (Je potvrdené, že tento rád nestvorili svätí, ale sám najvyšší Boh.)

Hoci bol tento dom priestranný, pre poslanie rádu bol z dlhodobého hľadiska nevhodný. Keďže kláštor v Ilave bol ešte len rozostavaný, čo veľmi prekážalo vo výuke kňazského dorastu a študentov filozofie, rozhodlo sa, že títo budú presťahovaní z Ilavy do Bratislavy. Hostinec poskytol v prvej fáze útulok sedemnástim mužom, ktorí sa zriekli sveta, totiž piatim kňazom, deviatim klerikom seminaristom a trom laickým bratom. Ich predstaveným bol Michael de Assumptione, ktorého však po jeho odchode do Španielska rýchlo vymenil František a Matre Dei. Arcibiskup Kollonič po istom váhaní priznal v listine z 30. júna 1699 bratislavským trinitárom všetky práva, privilégiá a exempcie, ktorým sa tešia ostatné rády a kongregácie a povolil im konať zbierky na činnosť na celom území Uhorského kráľovstva. Zároveň im odpustil poplatok za bývanie v hostinci v plnej výške. Kráľ Leopoldov I. jeho rozhodnutie potvrdil dekrétom, ktorý im vlastnoručne odovzdal 23. septembra 1700. Neskôr získali zákonným článkom č. 102 8. novembra 1714 uhorského snemu trinitári aj žiadosť o indigenát (domovskú príslušnosť) pre svoje kláštory v Uhorsku.

Dom na Obchodnej ulici adaptovaný na malý kláštor však rehoľníkom nevyhovoval sčasti pre vzdialenosť od vnútorného mesta a sčasti pre nevyhovujúce danosti objektu. V roku 1700 preto kúpili nový, Szenteiovský dom, stojaci pred Michalskou bránou na začiatku Kozej ulice. Dom bol obklopený pevnými múrmi so záhradou a k nemu prikúpili aj dva priľahlé domy, ako aj tretí domček ako stavenisko kostola. Tieto budovy sa nachádzali v susedstve cintorína sv. Michala, na jeho severnej hranici, ktorá bola otočená k Michalskej bráne. Tu vzápätí postavili nízku a skromnú kaplnku, ktorá susedila s múrmi malého jednoduchého domu. Pridané boli aj ďalšie úhľadnejšie domy, ktoré obývali rádoví bratia. Zo zadnej strany bolo treba jeden dom zbúrať, aby vznikla väčšia záhrada. Po rýchlom adaptovaní priestorov na činnosť provizórneho kláštora slávnostne inaugurovali nové priestory. Pri slávnostnom obede sa v kláštornej jedálni zišla početná spoločnosť', ktorú pohostil na svoje útraty predseda dvorskej komory gróf Krištof Erdödy. Po obede kázal na túto príležitosť do Bratislavy pozvaný trinitár z Viedne, páter Izidor a Visitatione, ktorého rečnícke nadanie vyvolalo obdiv množstva veriacich. Vybudovanie skutočného veľkého kláštora a kostola však zdržali viaceré pohromy, veľký mráz a následný hlad v roku 1709 a predovšetkým mor, ktorý si v roku 1713 v Bratislave vyžiadal krutú daň 3860 mŕtvych. Na mor zomreli aj traja bratia z trinitárskeho konventu. Predstavitelia kláštora sa už dlho zaoberali myšlienkou čo najviac rozšíriť a od základu prestavať malý kláštorný kostol, ktorý nevyhovoval veľkému počtu veriacich. Uskutočnenie tohto plánu bolo o to ťažšie, že trinitársky kostol hraničil s uličkou a táto ulička s protestantským cintorínom, na ktorom kedysi stával stredoveký farský kostol sv. Michala, ktorý bol v 20. rokoch 16. storočia zbúraný v súvislosti s predpokladanou tureckou ofenzívou. Mestská rada s veľkým podielom evanjelikálov však s týmto rozhodnutím nesúhlasila, lebo od 17. storočia tu boli pochovávaní občania evanjelického vierovyznania. Preto bolo treba vynaložiť veľké úsilie, aby rád získal vhodné miesto bez krivdy kohokoľvek. Vesprémsky biskup a Bratislavský prepošt gróf Oto Ján von Volckra, ktorému vec veľmi ležala na srdci, poradil horlivému priaznivcovi trinitárov prepoštovi ostrihomskej kapituly grófovi Gabrielovi Antonovi Erdődymu plán. Chceli využiť prítomnosť kardinála Kristiána Augusta Saského ako aj ostatných uhorských biskupov a svetských hodnostárov na sneme v Bratislave, aby si zaistili ich podporu. Na tento cieľ usporiadal menovaný gróf Gabriel Anton Erdődy na sviatok. sv. Hieronyma z príležitosti narodenín panovníka hostinu v kláštore pátrov trinitárov, na ktorú okrem Jeho Eminencie boli pozvaní aj kaločský arcibiskup Imrich Csáky, nitriansky biskup gróf Ladislav Adam Erdődy, vácky biskup gróf Žigmund Kolonič, rábsky biskup gróf Imrich Esterházy z Galanty, vesprémsky biskup gróf Oto Ján Krstiteľ von Volckra a okrem nich grófi Erdődy, Esterházy, Pálfly, Kolonič atď. Erdödy získal niekoľko nekatolíckych senátorov, ktorí sľúbili vzdať sa vlastníctva cintorína, ak ich veriacim bude prisľúbené nové miesto, kde by mohli pochovávať svojich mŕtvych. Nakoniec sa zistilo, že protestanti nemajú na tento pozemok právny nárok a tak získali trinitári protestantský michalský cintorín bezodplatne od kráľovskej komory 2. septembra 1715.